Mạc Thiếu Thông sinh ngày 02 tháng 12 năm 1962 tại Hong Kong, nguyên quán tại quận Tam Thủy, thành phố Phật Sơn, tỉnh Quảng Đông, Trung Quốc. Thời niên thiếu, anh từng theo học tại trường trung học Cao Lôi (ở phố Phúc Toàn, khu Tai Kok Tsui, Hồng Kông). Mạc Thiếu Thông sinh ra trong gia đình trung lưu và nề nếp tại Hồng Kông. Từ nhỏ Mạc Thiếu Thông mong muốn trở thành cảnh sát nên anh đã bắt đầu tập luyện Kung fu từ khi mới lên cấp 2 (12 tuổi) và đã ghi danh vào Học viện cảnh sát Hong Kong nhưng bị cha anh phản đối vì đó là một công việc vất vả và nguy hiểm. Cuối cùng anh đã từ bỏ giấc mơ trở thành cảnh sát và chuyển hướng sang gia nhập ngành giải trí.[3] Gia đình anh có hai anh em trai, hai người cách nhau 10 tuổi[4] . Sau khi cha qua đời, anh trở thành chủ kinh tế của gia đình, gia nhập làng giải trí từ năm 18 tuổi để giúp đỡ mẹ và nuôi em trai ăn học ở nước ngoài. Hiện em trai anh đang sống ở Los Angeles, Hoa Kỳ, còn mẹ thì đang sống ở Hồng Kông[4].